Kemudian pada 1998 dengan dukungan dari Diyanet İşleri Başkanlığı masjid ini pun direnovasi.
Bagunann baru masjid Tokyo Camii dirancang oleh arsitek bernama Muharrem Hilmi Senalp.
Interior Khas Turki
Karena didanai oleh orang Turki, maka masjid ini mengambil teman interior khas Ottoman.
Sekutar 70 pengrajin asal Turki telahbmerancang semua detail dari masjid ini, termasuk ubin marmer yang dipasang berasal dari Turki.
Mulai Beroperasi Lagi di Tahun 2000
Dengan menghabiskan dana sekitar 1,5 triliun yen, masjid ini akhirnya kembali beroperasi pada 30 Juni 2000 silam.
Tokyo Camii sendiri memiliki luas sekitar 734 meter persegi yang terdiri dari satu ruang bawah tanah dan tiga lantai ke atas. (*)