Tapi kekacauan mulai terjadi ketika Henry menyalahgunakan teknologi putrinya dengan membuat lebih banyak simulasi di dalam simulasi utamanya untuk mempelajari kedalaman gelap otak manusia.
Arti piramisa dan kunci
Piramida mainan milik Elliot dan kuncinya sebenarnya adalah kode yang diperlukan untuk bisa mengakhiri simulasi.
Sayangnya Maura tak mengingat apapun yang terjadi di memori kehidupannya masa lalu, sehingga tak ingat apa kode untuk keluar itu.
Petunjuk yang bisa dilihat salah satunya ketika ada simbol-simbol piramida di seluruh kapal, digunakan sebagai pesan untuk membangkitkan ingatan Maura, namun sayangnya itu tak membantu.
Akhirnya Daniel mencoba untuk merusak sistem di simulasi itu, dan mengganti kode-nya supaya mereka bisa keluar.
Kode awal yang seharusnya dipakai telah berpindah tangan pada Henry, sehingga Daniel membuat kode baru berupa cincin yang dipakai Maura serta pakai piramida lain.
Penumpang kapal masih hidup
Setelah berhasil keluar dari simulasi, Maura terbangun di stasiun luar angkasa.
Dia menemukan penumpan lain yang sebelumnya dikira mati.
Ternyata tak ada yang benar-benar mati di kapal itu, dan mereka semua masih hidup di kenyataan lain.